長門有希さん（ヒューマノイド・インターフェイス）と神野ナギさん（ヒューマンインターフェイス）。

[MAD]長門有希-雪、無音、窓辺にて。
http://jp.youtube.com/watch?v=R8kdeBQ-5T4

「涼宮ハルヒの憂鬱」「対有機生命体コンタクト用ヒューマノイド・インターフェース」長門有希

此方は「涼宮ハルヒの憂鬱」の主要登場人物「対有機生命体コンタクト用ヒューマノイド・インターフェース」の長門有希さん。
無口・無表情・沈着冷静で、ショートカットの髪型、起伏の少ない体型が特徴です。

魔界天使ジブリール3 ED
http://jp.youtube.com/watch?v=d-Hw50MITLA

「魔界天使ジブリール3」「第六世代アンドロイド（ヒューマンインターフェイス）」神野ナギ

此方は「魔界天使ジブリール3」の主人公、「第六世代アンドロイド（ヒューマンインターフェイス）」の神野ナギさん。
無口・無表情・沈着冷静で、ショートカットの髪型、起伏の少ない体型が特徴です。

"N.A.G.I."と言うと「新世紀EVANGELION」のコンピュータ"MAGI"システム（キリスト教東方の三博士・賢者＝マギの名前由来。メルキオール、バルタザール、カスパーの三位一体のシステム）の名称を踏襲した"NAGI（薙）"と言う研究機関名が登場する漫画作品、田中ユタカ著：「愛人[AI-REN]」（あいれん＝中国語で配偶者・恋人の意味）を思い出します。

お二人とも設定と外見と性格が良く似てます。
神野ナギさんが長門有希さんを模倣してる訳ですが、キャラクターの類型の消化の仕方の一つの方法論として有りじゃないかと。
二次創作と一次創作の中間みたいな感じで。
長門有希・綾波レイ的無口キャラクターが好きなんだ！みたいな欲求がそのまま素直に表れてて興味深いです。
神野ナギさんがキャラクターとして昇華・発展してるかどうかはゲームを所持してないので判りませんが。

おおっ、神野ナギさんは"神 spec in 72"じゃないですか！
正しく天使の少女です！
オブイエークト！

エンディング主題歌でヒロインが走る画像と言うと「機動戦士 Zガンダム」ED、「星空のビリーブ」を思い出します。

機動戦士Zガンダム(ED)
http://jp.youtube.com/watch?v=f_5mwaSIP4g