MADで残るのは…。

ニコニコ動画の方針は権利者侵害の動画を削除ですから、既存音源を使ったMADでも音源権利者、演奏者若しくはレコードレーベル等が認めれば、個別に或る程度のMADは残ると思われます。
mosaic.wavの所属事務所「音響・声優事務所」のMADに対するガイドラインは

Sham Studio
動画投稿サイトでのMOSAIC.WAVの楽曲（原曲）使用について

●1：動画投稿サイトでの原曲の使用はショートサイズのみ許可させて頂きます。
フルバージョンに関しましては、カラオケも含め、使用は禁止させて頂きます事をご了承下さい。

●2：楽曲を使用した際は、ムービーの説明文もしくはタグ等にMOSAIC.WAVの表記をして頂けますようお願い致します。

●3：ショートバージョンの楽曲でも、多数メドレーにしたり、編集して2分以上にするループミックスは禁止させて頂きます。

●4：今回の使用条件は当社が著作を持っておりますオリジナル曲やメーカー様の曲のみとなります。
ジャスラックが関わっておりますレコード会社様等の楽曲は、ショートサイズも含め保証できません事をご了承下さい。

●5：上記範囲内でも、当社判断により削除させて頂く場合もございます。

注：一部原曲フルバージョンでも掲載されている物がございますが、こちらは削除対象外という訳ではございませんので、確認でき次第、順次削除させて頂きます。

http://www.sham.jp/studio/faq.shtml#071215

と言う様に、柔軟な対応の音源権利者も有る訳ですが、mosaic.wavの楽曲には「音響・声優事務所」が原盤音源権利者で無い音源も多数有るので、比較的柔軟なmosaic.wavの楽曲一つ取っても権利問題が色々面倒な事が分かります。